Sim, ao adicionar novos destinos o cálculo será feito considerando o trajeto completo, passando por cada destino escolhido.
Bom lembrar: esta é uma funcionalidade exclusiva para clientes da Tag Zul+. Se é o seu caso, basta selecionar o veículo que possui a tag, tocar no botão da tag na tela inicial do app e, depois, escolher a opção "Cálculo de Pedágio".